常見的細胞增殖分析指標包含以細胞代謝活性為基礎的 MTT、XTT、WST-1、WST-8 (CCK-8) assays，以及以細胞能量狀態為指標的 ATP 定量分析；此外，透過 BrdU 或 EdU incorporation assays，可進一步直接反映 DNA 合成活性與細胞週期進行狀態。細胞毒性分析則常透過 LDH release assays 評估細胞膜完整性，或搭配活細胞/死細胞染色 (Live/Dead staining) 進行偵測，以解析藥物或處理條件對細胞的毒性強度。