- 冷光酵素 (luciferase):最具代表性的報導基因,具備極高的偵測靈敏度與寬廣的線性範圍。
- 綠色螢光蛋白 (green fluorescent protein, GFP):常用於活細胞影像觀察與流式細胞儀分析。
- β-半乳糖苷酶 (β-galactosidase, lacZ):傳統的呈色檢測系統,常用於組織切片染色與轉染效率校正。
- β-葡萄糖苷酸酶 (β-glucuronidase, GUS):廣泛應用於植物分子生物學研究的報導系統。
- 分泌型鹼性磷酸酶 (secreted alkaline phosphatase, SEAP):可分泌至細胞培養基中,不需裂解細胞即可進行連續性動態偵測。
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