常見的細胞染劑可依其標定目標與作用機制區分為多種類型，包括細胞核 DNA 染劑（如 Hoechst 系列）、細胞質或細胞膜螢光染劑（如碳花青染料 ( carbocyanine dyes)）、粒線體染劑 (mitochondrial dyes)、絲狀肌動蛋白或細胞骨架螢光染劑 (F-actin dyes)，以及可隨細胞分裂而稀釋的增殖與追蹤染劑（如 CFSE 類染劑）。此類試劑通常具有訊號穩定、低背景值、細胞毒性低等特性，適合用於活細胞成像 (live-cell imaging)、流式細胞分析 (flow cytometry) 與高內涵分析 (high-content analysis)。