PACE® 進階 2.0 版基因型鑑定預混液
PACE® 2.0 Genotyping Master Mix
廠牌
產品簡介
由 3CR Bioscience 公司專為棘手樣本——如粗萃 DNA (crude DNA) 或是富含酚類 (phenols)、單寧 (tannins)、多醣體 (polysaccharides) 等 PCR 抑制物 (PCR inhibitors) 的材料（例如油棕和針葉樹）——進行大規模 SNP / Indel 基因型鑑定所設計的進階 2.0 版預混液，適用於 PACE® 與 KASP™ 等位基因專一性 PCR (allele-specific PCR) 基因分型技術。
PACE® 技術優勢
- 性能卓越：對 PCR 抑制物的耐受性更佳，能為粗萃 DNA 樣本分析提供更優異的訊噪比 (signal-to-noise ratio) 與更清晰明確的基因型分群 (tighter clusters) 結果。
- 成本更低：不同於 TaqMan™ 需為每個變異位點設計專屬螢光探針，PACE® 可共用相同螢光報導系統，大幅降低分析成本。
- 性價比更高：PACE® 預混液系列產品可完全相容於 KASP™ 系統與引子，並且售價更低，是兼顧基因分型精準度與成本效益的完美首選。
PACE® 技術原理
PACE® 技術原理與 KASP™ 相似，是利用兩條競爭性等位基因專一性引子 (competing allele-specific primers) 與通用螢光報導系統來區分不同的基因型。一個標準的 PACE® 反應主要由 DNA 樣本、Assay Mix（引子組）與 Master Mix（預混液）三個部分組成，其中：
- 引子組 (Assay Mix)：包含三種未標記的 primers，分別是兩種等位基因專一性前置引子 (allele-specific forward primers)，用於辨識目標變異位點。兩者序列僅在 3' 末端鹼基不同（對應兩種不同的等位基因），且各自帶有一段與 FAM 或 HEX 螢光報導探針互補的 5' 端尾巴序列 (tail sequence)；一種共同反置引子 (common reverse primer)，結合於目標序列的反股上。
- 預混液 (Master Mix)：包含 PCR 擴增所需的基本元件，以及通用的 FRET 螢光報導匣 (universal FRET cassettes)。報導匣含有兩種 FRET 螢光探針，分別帶有 FAM 和 HEX 螢光染料；在未與互補序列結合的狀態下，螢光訊號會被探針結構上的淬滅劑 (quencher) 所抑制。與目標序列完全匹配的等位基因專一性引子，在 PCR 反應中具有較高的延伸效率，因此於擴增過程中逐漸取得競爭優勢。隨著 PCR 進行，專一性引子的 5' 尾巴會被整合到新合成的 DNA 股中。預混液中的螢光報導匣會與剛剛產生的尾巴互補序列結合，隨著新的延伸反應，螢光染料會與淬滅劑分離，釋放出螢光訊號。藉由判讀螢光訊號，即可獲知樣本的變異位點是屬於同型合子 (homozygous) 還是異型合子 (heterozygous)。
引子設計/需求
歡迎與我們聯繫索取 3CR Bioscience 免費引子組 (Assay Mix) 設計服務，並可依需求提供 Oligo 訂製合成服務。您亦可使用既有的 KASP™ 反應引子。
DNA 樣本需求
- 每個 PACE® 反應建議使用 1–10 ng 的基因體 DNA (genomic DNA, gDNA)，此用量視生物體的基因體大小 (genome size) 而異，基因體較大者，需等比例增加其用量。
- 為了獲得最佳的實驗結果，原則上應使用經過純化且濃度均一化 (well-normalised) 的 DNA 樣本。
- PACE® 2.0 預混液雖對粗萃 DNA 樣本具有良好的適應能力，仍建議在進行高通量篩檢前，先進行少量樣本的預測試實驗，以透過測試稀釋範圍優化出最合適的 DNA 濃度與抑制物耐受平衡點。
設備需求
PACE® 基因分型反應可於 qPCR 系統*上直接完成擴增與終點螢光讀取（*相容機型列表）；亦可使用一般 PCR 熱循環儀 (thermocycler) 完成擴增後，再利用螢光微量盤分析儀讀取 FAM 與 HEX 訊號進行基因型判讀。
訂購資訊
| PRODUCT | PRODUCT VOLUME | PART NUMBER | NUMBER OF REACTIONS AT 10 µL | CONCENTRATION |
|---|---|---|---|---|
| PACE® 2.0 Genotyping Master Mix (Standard ROX – 150 nM) | 2.5 mL | 003-0001 | 500 | 2x |
| 25 mL | 003-0002 | 5,000 | 2x | |
| 250 mL | 003-0003 | 50,000 | 2x | |
| 1,000 mL | 003-0004 | 200,000 | 2x | |
| PACE® 2.0 Genotyping Master Mix (Low ROX – 25 nM) | 2.5 mL | 003-0005 | 500 | 2x |
| 25 mL | 003-0006 | 5,000 | 2x | |
| 250 mL | 003-0007 | 50,000 | 2x | |
| 1,000 mL | 003-0008 | 200,000 | 2x | |
| PACE® 2.0 Genotyping Master Mix (High ROX – 500 nM) | 2.5 mL | 003-0009 | 500 | 2x |
| 25 mL | 003-0010 | 5,000 | 2x | |
| 250 mL | 003-0011 | 50,000 | 2x | |
| 1,000 mL | 003-0012 | 200,000 | 2x | |
| PACE® 2.0 Genotyping Master Mix (no ROX) | 2.5 mL | 003-0013 | 500 | 2x |
| 25 mL | 003-0014 | 5,000 | 2x | |
| 250 mL | 003-0015 | 50,000 | 2x | |
| 1,000 mL | 003-0016 | 200,000 | 2x |
儲存條件
避光保存。於 -20˚C/-80˚C 可穩定保存 2 年，4˚C 則可保存 2 週。應避免反覆凍融。